- PS4版にあったボウガンアドベンチャーが無くなった
- 3DS版にあった時渡りの迷宮が無くなった
- べんりメニュー機能が追加され、いつでもふしぎな鍛冶などが利用できる
- カミュが最初からとくぎ「とうぞくのはな(今いる場所に残っている宝の数が分かる)」を覚えている
- ベロニカとセーニャが仲間に加わった時点でスキルリセットができる
- ホムスビ山地のサマディー地方への関所の前に教会がある
- ロトゼタシアの各地に、合言葉を教えてくれるヨッチ族がいる
- 魔王の神殿の玉座の間へ続く通路の途中に神父の役割をするヨッチ族がいて、セーブなどができる
- 邪神ニズゼルファを倒した後、クリアデータをセーブできるようになり、クリアデータをセーブすると討伐モンスターリストに「邪神ニズゼルファ」と「邪神の子」が登録される